Chiusa la breve parentesi comprensionale, il PIM torna ad essere un’associazione volontaria di Enti Locali senza fini di lucro, modificando così, almeno parzialmente, natura, finalità e nome (Statuto del 1988, parzialmente modificato nel 1989). Il CSCM si trasforma in Centro Studi per la Programmazione Intercomunale dell’Area metropolitana, conservando la sigla PIM. Al PIM partecipano la Provincia di Milano, il Comune di Milano e 99 Comuni contermini. Sono organi dell’Associazione: l’Assemblea, costituita dai Sindaci e dal Presidente della Provincia o da loro Assessori/Consiglieri delegati (ogni rappresentante ha diritto a un voto, fatti salvi Comune e Provincia di Milano che, in relazione al loro “peso”, nominano ciascuno altro 4 rappresentanti); il Direttivo, composto da 14 membri, 3 dei quali di diritto da scegliersi tra i rappresentanti del Comune di Milano e 3 da scegliersi tra i rappresentanti della Provincia di Milano; il Presidente, chiamato a presiedere Assemblea e Direttivo, nonché a rappresentare l’Associazione. L’attività del PIM, ritornato all’originaria forma associativa, ha per oggetto la promozione di studi e ricerche, generali e settoriali, utili alla programmazione e pianificazione intercomunale e provinciale.
Durante gli anni ‘90 e i primi anni 2000, l’attività del PIM si diversifica fortemente, a fronte di una domanda della Pubblica Amministrazione sempre più orientata alla pianificazione e progettazione operativa. Allo stesso tempo si amplia la “committenza” al PIM anche da parte di non soci (la Regione Lombardia soprattutto). Accanto ai tradizionali piani territoriali di scala provinciale, in questa fase il PIM elabora studi di pianificazione strategica e di area e di riorganizzazione dell’assetto urbano e del sistema dei servizi. Allo stesso tempo acquisiscono sempre più rilievo i temi della pianificazione del traffico e della viabilità, della riqualificazione e potenziamento delle reti e dei servizi di trasporto pubblico e, soprattutto, i temi della pianificazione-progettazione integrata delle grandi infrastrutture. Sul versante della pianificazione ambientale, accanto ai piani dei parchi dei parchi, si afferma un filone di lavoro volto alla predisposizione di progetti di tutela e valorizzazione paesistico-ambientale e allo sviluppo sostenibile.
A partire dalla metà degli anni ’90, il PIM riorganizza il proprio patrimonio conoscitivo e strumentale tramite una massiccia informatizzazione, attraverso la digitalizzazione del proprio archivio cartografico generale e dell’archivio Piani urbanistici comunali, oltre all’utilizzo di nuovi applicativi per la georeferenzazione della banca dati territoriale e socio-economica, dei progetti sulla rete infrastrutturale metropolitana e dei grandi progetti che interessano in quegli anni la regione urbana milanese.